La Constitución de Guatemala de 1985 define una separación de poderes entre las ramas del gobierno ejecutivo, legislativo y judicial.

Órgano Ejecutivo

El presidente y vicepresidente son electos directamente por medio del sufragio universal y están limitados a un período improrrogable de cuatro años. El vicepresidente puede ser candidato para presidente después de cuatro años fuera del cargo.

Órgano Legislativo 

Se ejerce por el Congreso de la República (unicameral), compuesto por 158 diputados electos directamente mediante sufragio universal y secreto, por el sistema de distritos electorales y lista nacional, para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos. Cada departamento del país constituye un distrito electoral. El municipio de Guatemala forma el distrito central, y los otros municipios del departamento de Guatemala constituyen el distrito de Guatemala. Por cada distrito electoral deberá elegirse como mínimo un diputado. La ley establece el número de diputados que correspondan a cada distrito en proporción a la población. Un número equivalente al 25% de diputados distritales será electo directamente como diputados por lista nacional.

Administración de Justicia

Se ejerce por la Corte de Constitucionalidad y la Corte Suprema de Justicia. Asimismo, participa en el sistema de justicia el Ministerio Público.

-        Corte de Constitucionalidad

La  Corte de  Constitucionalidad  es  un tribunal permanente autónomo cuya función  es la  defensa del orden Constitucional; actúa como Tribunal colegiado con  independencia de los demás organismos del Estado y ejerce funciones  específicas  que  le asigna  la  Constitución y la Ley de Amparo, Exhibición Personal y de Constitucionalidad. La Corte de Constitucionalidad se compone de cinco jueces elegidos para un periodo de cinco años. Uno de los jueces es electo por el congreso, uno es nombrado por el Presidente, uno es electo por la Corte Suprema de Justicia, uno es electo por el Consejo Superior de la Universidad de San Carlos de Guatemala, y otro por el Colegio de Abogados y Notarios de Guatemala. Al tener  funciones de protección de derechos fundamentales, puede revisar decisiones del TSE.

-        Corte Suprema de Justicia

La Corte Suprema de Justicia se integra por trece magistrados, que son electos por el Congreso de la República por un período de cinco años, de una nómina de 26 candidatos propuestos por una comisión de postulación (integrada por un representante de los rectores de las universidades del país, representantes electos por la Asamblea General del Colegio de Abogados y Notarios de Guatemala y representantes electos por los magistrados titulares de la Corte de Apelaciones).

-        Ministerio Público

El Ministerio Público, órgano que tiene la función de investigar los delitos de acción pública y promover la persecución penal ante los tribunales, dirigiendo a la policía y demás cuerpos de seguridad del Estado en la investigación de hechos delictivos. Tiene por función preservar el Estado de derecho y el respeto a los derechos humanos, efectuando las diligencias necesarias ante los tribunales de justicia.

Lo preside el Fiscal General y a nivel operativo están las Fiscalías Distritales y Municipales. Actualmente, existen 23 fiscalías distritales distribuidas en 22 Departamentos y 34 fiscalías municipales en igual número de municipios.